Le projet Genome@home : une bonne action

Venez tous :o) ... blabla, coup de gueule, délire... Faut que ça bouge!!
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kokoyaya
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Le projet Genome@home : une bonne action

Post by kokoyaya »

But du projet : comprendre les génomes


Le séquençage du Génome Humain approche de son terme, et les scientifiques travaillent dur pour que cette mine d'informations puisse profiter à la médecine et à l'humanité.
L'un des meilleurs moyens d'y parvenir est d'étudier les autres génomes et les séquences de gènes individuels qui sont déjà disponibles. En comprenant comment fonctionnent ces génomes, nous pourrons mettre ce vaste volume de données (plus de 50.000 gènes et 3 milliards de paires de bases de nucléotides) dans une perspective biologique et médicale, lui donnant ainsi tout son sens.
Les protéines, ces molécules encodées par les génomes, sont les éléments de base de notre machinerie cellulaire. Notre projet partenaire, Folding@home, s'efforce de comprendre comment les protéines existantes atteignent leurs structures fonctionnelles spécifiques à trois dimensions. Le but de Genome@home est de dessiner de nouveaux gènes pouvant coder des protéines opérationnelles au sein de la cellule. Genome@home utilise un algorithme informatique (SPA), basé sur les règles physiques et biochimiques qui gouvernent les gènes et les protéines, afin de dessiner de nouvelles protéines (et à partir de là de nouveaux gènes), n'ayant pas été trouvés dans la nature. En comparant ces "génomes virtuels" à ceux trouvés dans la nature, nous sommes en mesure de bien mieux comprendre comment les génomes naturels ont évolué et comment fonctionnent les gènes et les protéines naturels. Parmi les applications importantes de la base de données de protéines virtuelles :

fabriquer de nouvelles protéines pour la médecine
concevoir de nouveaux médicaments
assigner une fonction aux douzaines de nouveaux gènes séquencés chaque jour
comprendre l'évolution des protéines
Comme vous l'imaginez sans doute, dessiner ne serait-ce qu'une nouvelle séquence de gène demande déjà des ressources en termes de calcul informatique. Dessiner des centaines de nouvelles séquences pour des centaines de protéines nécessite littéralement des milliers d'ordinateurs.

L'initiateur du projet Génome est une équipe du consortium HTG (human genome project) qui est un groupement de laboratoires publics internationaux sans buts lucratifs (le laboratoire français est l'équipe du génopôle d'Evry chargée du séquencage et de l'annotation du chromosome 14 humain). Entre autres actions du HTG, on peut citer derniérement la mise à la disposition gratuitement des données sur le génôme humain alors que la plupart des laboratoires privés (voir Celera) ont le désir de restreindre ces informations.
Le HTG n'a ni la capacité, ni les financements suffisants pour rivaliser avec les grandes firmes pharmaceutiques. En particulier les besoins en puissance de calculs bruts sont faramineux dans le domaine de l'analyse de séquences en génétique.
Notre avis est que contrairement au SETI qui cherche à débusquer des petit hommes verts, ce programme a une utilité bien réelle. Et ne nous faites pas croire qu'intel avec son programme de recherche contre le cancer fait çà dans un but complétement philantropique.

Une dernière remarque : le HTG ne dépose aucun brevet, ces recherches sont complètement gratuites.




Comment vous pouvez aider

Pour dessiner ce grand nombre de séquences de protéines, nous avons besoin de plein d'ordinateurs. En lançant le programme de séquençage de Genome@home, vous pouvez nous "prêter" votre ordinateur pendant que vous ne l'utilisez pas, à votre convenance.
Le programme travaille en parallèle avec vos autres programmes et effectue ses calculs pendant les périodes d'inactivité de la cpu, que vous soyez éloigné du clavier, ou non. Vous ne subirez aucun ralentissement, et votre ordinateur travaillera comme d'habitude. Tout ce que vous verrez est une petite fenêtre affichant les séquences de protéines en cours d'élaboration. Si vous ne voulez pas les voir, il suffit de réduire la fenêtre. Un ou deux jours d'exécution du programme Genome@home suffisent au dessin de séquences de protéines que le monde n'avait encore jamais vues. Toutes les séquences sont ajoutées à la base de données de Genome@home, aussi chaque contribution, aussi modeste soit-elle, est utile.
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iubito
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Post by iubito »

Salut :hello:

alors comme kokoyaya l'a dit, venez aider la recherche.
Perso j'ai mis 2 PCs
- un P2 333MHz
- un P4 1,6GHz au boulot

faites de même ! :)

kokoyaya, le lien ??? hein, il est passé où ? :rolmdr:
http://www.genomeathome.fr.st
A+ les cactus !
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Askaratni kaasoun kaasoun khalidah
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Post by Latinus »

iubito wrote:Salut :hello:

alors comme kokoyaya l'a dit, venez aider la recherche.
Perso j'ai mis 2 PCs
- un P2 333MHz
- un P4 1,6GHz au boulot

faites de même ! :)

kokoyaya, le lien ??? hein, il est passé où ? :rolmdr:
http://www.genomeathome.fr.st
dans sa signature :P
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iubito
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Post by iubito »

ah oui c vrai :loljump:
mais ça fait pas de mal de le rapeler dans le message ! :lol:
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kokoyaya
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Post by kokoyaya »

Je crois qu'il est bon de préciser plusieurs petits détails :
- ça ne fait pas ramer l'ordinateur,
- ça ne fait pas bugguer l'ordinateur.

Il n'y a pas de petite participation. Pour motiver les troupes, il y a des stats qui ont été mises en place. L'Alliance Francophone est depuis quelques jours la 8ème équipe mondiale, non pas grâce à un utilisateur qui produit énormément mais surtout grâce à plein de "petits" utilisateurs.

N'hésitez pas à poser vos questions. :)
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Post by Latinus »

kokoyaya wrote:Je crois qu'il est bon de préciser plusieurs petits détails :
- ça ne fait pas ramer l'ordinateur,
- ça ne fait pas bugguer l'ordinateur.

Il n'y a pas de petite participation. Pour motiver les troupes, il y a des stats qui ont été mises en place. L'Alliance Francophone est depuis quelques jours la 8ème équipe mondiale, non pas grâce à un utilisateur qui produit énormément mais surtout grâce à plein de "petits" utilisateurs.

N'hésitez pas à poser vos questions. :)
Quand SETI sera fini, je viendrai peut-être ;)
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Post by kokoyaya »

Ah, ben en voila une nouvelle qu'elle est bonne. :)

Et les autres ? Indifférence ou dédain ? :hello:
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Post by didine »

En ce qui me concerne, c'est tout simplement que je ne peux pas. Impossible de toucher aux ordinateurs de la fac, et impossible de le faire sur le mien (ou plutôt celui de mon cher et tendre). Le réseau se partage entre 5 immeubles de 35 apparts, avec même 2 ordis dans certains apparts. On a donc une certaine limite en ce qui concerne les Ko qui circulent de et à partir de nos ordis en 24h. C'est très surveillé, j'ai même eu un avertissement une fois... :confused:
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Post by Latinus »

c'est quoi la limite/24h ?
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Post by didine »

250 Mo, mais ca peut partir assez vite avec tout ce que j'envoie, les photos et fichiers que je recois par email et Kazaa. Mon copain se sert de l'ordinateur encore plus que moi vu qu'il a des cours par Web CT et des cours de stat où le prof leur envoie des fichiers immenses par email. Mais pour 12 euros par mois, je crois qu'il n'y a pas à se plaindre...
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Post by Latinus »

didine wrote:250 Mo, mais ca peut partir assez vite avec tout ce que j'envoie, les photos et fichiers que je recois par email et Kazaa. Mon copain se sert de l'ordinateur encore plus que moi vu qu'il a des cours par Web CT et des cours de stat où le prof leur envoie des fichiers immenses par email. Mais pour 12 euros par mois, je crois qu'il n'y a pas à se plaindre...
ha oui, 12€ c pas mal en effet ;)
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Post by kokoyaya »

Histoire de prêcher un peu pour ma paroisse : il n'y a pas énormément d'échanges de données avec le projet Genome@home. ;)
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Post by Latinus »

kokoyaya wrote:Histoire de prêcher un peu pour ma paroisse : il n'y a pas énormément d'échanges de données avec le projet Genome@home. ;)
pour la mienne non plus :p
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Post by didine »

Oui, mais le mail que j'ai recu de la personne qui contrôle le réseau était tellement froid et désagréable que je ne préfère pas en recevoir d'autre!!! En plus je vais faire de la traduction pour une entreprise locale de mai à août, je vais devoir faire pas mal de transferts entre leurs ordinateurs et le mien. :(
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Post by kokoyaya »

C'est pas grave : je te relancerai quand tu seras une brillante étudiante de l'ESIT. ;)
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