Pour l'étymo, c'est facile, c'est la racine *gwel- "sourdre, jaillir" qu'on retrouve "dans le grec βλύειν" comme dit gentiment le Pfeifer, ommettant de préciser que c'est un terme super-rare, méga-dialectal et à la limite d'ailleurs de l'artificialité (Lycophron de Chalcis, poète alexandrin, donc pseudo-dialectal comme j'en parlais récemment, et le si bien nommé Nonnos de Panopolis qu'on aurait mieux fait de ne pas déterrer - *coche* bon celle-là c'est fait...), et surtout dans βαλανειον, emprunté par les latins sous la forme balneum et qui donne notre bain.
... Bon, Chantraine semble n'être pas d'accord du tout avec cette étymo datant de Pokorny

. Disons que phonétiquement, ça tient debout.
Pour ce qui est de la forme, Quelle (féminin) et Quell (masculin) coexistent dans la langue ; le second aujourd'hui poétique. Mais Lexer comme Pfeifer semblent n'attester que la forme féminine, depuis les environs de l'an mil :
quëlle f. quelle. latex ein verborgen qwelle DFG. 320b. – ahd. quella DIUT. 2,331b. zu quëllen.
(j'ai pas compris ce que vient faire le latex là-dedans, si quelqu'un comprend la citation)
Duden semble affirmer que Quelle est un déverbatif de quellen relativement tardif en mha (plus précisément en "Ostmitteldeutsch"), et que la forme de vha, semblable pour la formation, est indépendante. La pauvreté des citations du Lexer (DFG = Glossarium latino-germanicum mediae et infimae aetatis. E codicibus manuscriptis et libris impressis concinnavit L.Diefenbach. Frankfurt 1857, ça sent le "mot de lexique") semblerait le confirmer.
Grimm semble confirmer que Quell masculin soit une réfection tardive :
QUELLE, f. das in der alten sprache nur vereinzelt vorkommende wort (s. 1) ist aus quellen gebildet und aus ihm ist erst mit genuswechsel das jüngere quell m. n. hervorgegangen, vgl. Germania 23, 274.
Apparemment, rien en gotique.
C'est tout pour l'instant.
La plupart des occasions des troubles du monde sont grammairiennes (Montaigne, II.12)