Comme l'a dit Xavier, le subjonctif est le mode exigé par toute subordonnée concessive, sauf "même si" et "tout... que" ("tout président qu'il est, c'est un vrai imbécile", et encore, j'aurais tendance à mettre le subjonctif).
C'est en théorie la règle.
On trouve cependant des indicatifs après "bien que". A l'oral, mais aussi parfois à l'écrit, y compris chez des grands auteurs (Flaubert et autres).
Il y a plusieurs raisons :
1. A l'écrit et chez des auteurs archaïsants (comme Claudel) Le souvenir du français classique, où l'on différenciait encore bien subjonctif (iréell) et indicatif (réel).
2. A l'écrit comme à l'oral, les cas où "bien que" et le verbe sont séparés par plusieurs lignes (c'est un simple oubli).
3. A l'oral surtout, et dans un parler très populaire, la méconnaissage générale du subjonctif (entendu récemment : "avec cette pluie, le feu d'artifice, ça m'étonnerait qu'il le font").
4. A l'oral actuellement, le problème de la disparition de l'imparfait du subjonctif. Comme l'a dit Xavier, il faudrait dire "bien qu'il n'eût que treize ans". Mais soit parce qu'on ignore ce temps, soit parce qu'on a quelque pudeur à l'employer (ça m'est arrivé récemment) on dit ou écrit "bien qu'il était"*. A par suite, on a tendance à étendre cet emploi au présent.
J'ai fait un mémoire sur le subjonctif en licence... Je me souviens précisément que j'avais commenté un exemple de cette erreur que j'avais trouvé dans un article de Sciences et vie
Cela étant, je pense que même chez les grands auteurs (exemples chez Grevisse), il s'agit dans 60% des cas d'une pure et simple erreur. Mieux vaut tenir pour acquis que "bien que" réclame le subjonctif.
Anthos wrote: Je ne comprends pas pourquoi il faut utiliser le sobjonctif puisque il s'agit de quelque chose qui est vrai
Il ne faut pas chercher trop d'explication au subjonctif français. DAns 90 % des cas c'est un mode purement mécanique : on met le subjonctif parce que tel verbe (douter que, nier que) telle construction (négative notamment : ne pas penser que...) ou telle conjonction (bien que, quoique, avant que) l'exigent.
Toutefois, il y a encore un fond de logique : le subjonctif n'indique pas uniquement ce qui est virtuel, mais aussi ce qui est "contrefactuel", c'est à dire ce qui est mais qui aurait aussi bien pu ne pas être, sans qu'il y ait d'incidence.
"bien qu'il ait seulement treize ans, il mesure plus de deux mètres"
Nous sommes ici dans un cas de "causalité inefficiente". Le fait qu'il ait treize ans devrait avoir une incidence sur sa taille : il devrait faire 1,50 :
"avoir treize ans" => "faire environ un mètre cinquante"
Or ici, le fait qu'il ait treize ans n'a pas l'indicence présentie ; il n'en a même aucune. Donc, le fait qu'il ait treize ans est peut-être réel, mais cette réalité n'a pas d'intérêt. Donc on met le subjonctif.
Si vous voulez plus de détail, il y a une sympathique thèse de P. Guillaume et de 2000 pages.
Donc, c'est une locution parce qu'il n'y a pas une bonne raison d'employer le sobjonctif, ne c'est pas?

Pas est tout à fait ce !
N'est-ce pas ;
Je ferais moins le malin si je devais te répondre en anglais
Je comprends ce que tu veux dire, et tu as raison : l'usage du subjonctif est globalement mécanique. Mais on peut quand même lui trouver une logique.
Et surtout, le mot de "locution" n'est pas correct. Une locution, c'est un ensemble de mot où l'on ne peut rien changer : une pomme-de-terre, un je-ne-sais-quoi. A la rigueur tu peux dire que "bien que" est une locution, puisque composé de "bien" et de "que" inséparables. Par contre, le reste de la phrase est libre, ce n'est pas une locution : bien qu'il soit grand, bien qu'il soit petit, bien qu'il vienne, etc. Tu peux dire éventuellement que c'est un "usage figé" (mais je préfère le mot de "mécanique").