Ah le passé surcomposé ! Je l'adore celui-là Et je l'utilise couramment. Bon, c'est vrai, pas tous les jours, mais relativement souvent quand même. Et jamais personne ne m'a regardée comme ça Il faut dire que c'est hyper courant en breton, donc ici nous sommes sans doute une population sensibilisée à cette forme
Tiens, c'est marrant, en Franche-Comté*
et en Suisse aussi on l'utilise beaucoup ("je l'ai eu su"). C'est ce qu'on appelle le phénomène des ondes : un trait linguistique, quand il se perd, disparaît d'abord au centre (Paris) et petit à petit comme une tâche d'huile jusque vers les bords, qui le gardent plus longtemps.
(*je rappelle que la Franche-Comté est un région située à droite de la Bourgogne, en dessous de l'Alsace et à côté de la Suisse. Que sa capitale politique est Besançon (et pas Brégançon ni Briançon) et sa capitale économique Montbéliard (et pas Montélimar). Libération s'est gouré dans son supplément "résultats électoraux", et c'est perpétuel ; C'est pas juste : tout le monde sait où est la Bretagne ou le Limousin ; dites, y'a quand même pas que les Comtois pour savoir où est leur région ?

)
Pour en revenir au subjonctif : même "tirée par les cheveux" l'explication de Franck me paraît juste du point de vue linguistique (mais ça n'est nullement incompatible

). Ce n'est pas qu'une question d'objectif/subjectif (après tout, quand je dis : je crois que je suis intelligent, c'est énormément subjectif

) ; le discriminant est : est-ce que le locuteur considère comme vrai le fait qu'il énonce. Ainsi :
penses-tu qu'il soit intelligent ? ("il est intelligent" est un fait qui n'est pas encore jugé).
tu penses réellement qu'il est intellligent ! ("il est intelligent" est un fait jugé comme vrai par "tu" (qui vient de dire "je pense qu'il est intelligent", c'est précisément ce jugement que l'autre locuteur (le "parleur") met en doute ; mais ce doute n'est pas celui de "tu", pour qui les choses sont claires et vraies : "il" est intelligent).
Mais il faut bien concéder aux grammairiens (grammairiens et linguistes sont comme les Velleran et les Longeverne*) que le subjonctif a de moins en moins d'autonomie syntaxique, et partant, de moins en moins de réalité sémantique. Il n'existe plus que dans la subordonnée, et dans neuf cas sur dix, il est strictement mécanique. Les solécismes ce multiplie. J'entends tous les jours des "bien qu'il était" et même des "bien qu'ils sont", "quoiqu'ils sont". En français très populaire, il est franchement en train de disparaître.
(* référence à la Guerre des Boutons, grand classique de la littérature France-Comtoise, je méprise ceux qui ne l'ont pas lu

)