Je n'ai pas le courage de faire
tous les manuels de grec qui traînent dans ma chambre, mais pour en avoir consulté disons trois, il y a bien un accent circonflexe. C'est l'habitude en Français.
Le mot s'écrit βητα en grec ancien avec... un accent circonflexe ! Qui d'ailleurs se fait plutôt comme un tilde, mais c'est pour noter le ton, non la longueur. En fait, le ê français transcrit la lettre êta (où il est aussi habituel de mettre un p'tit chapeau).
Dans la mesure où il s'agit d'une transcription, on pourrait dire que ça n'a pas beaucoup d'importance. Il est impossible de "bien" transcrire le grec ancien.
Mais comme "bêta" est presque un nom commun en physique et en chimie (entrée spéciale dans le Lexis) et que par ailleurs existent les termes "bêtathérapie" et "bêtatron" (vous le saviez vous

?), il vaut mieux considérer que la présence du "ê" est un règle.
Remarque pour Flamenco : la question ne se pose plus en grec moderne, puisque, tout en l'écrivant de la même manière, on prononce "vita" [β = v et η = i en grec mod.]. Mais quand on apprend le grec moderne à partir du français - comme ce fut mon cas - on continue de dire et d'écrire "bêta".
Voici l'alphabet grec tel que je le trouve écrit dans les manuels de grec ancien :
alpha
bêta
gamma
delta
epsilon
zêta
êta
thêta
iota
kappa
lambda
mu
nu
xi
omicron
phi
khi
psi
ômega
Transcription assez logique puisque η -> ê et υ -> u (valeures phonétiques). J'ai déjà vu (dans la presse) des graphies du type "epsilonn" ou "ypsilon" [nom d'une voiture je crois], dans un cas c'est phonétique, dans l'autre c'est graphique, mais ça n'est pas très satisfaisant.
Je n'ai jamais vu "beta" dans une publication qui parlât du grec ancien. Je l'ai parfois (rarement) vu dans des publications scientifiques, mais comme je l'ai dit, je le trouve moins bon. Et puis, juste pour polémiquer et faire mon franchouillard

, ceux qui écrivent "beta" le font généralement à l'imitation de l'anglais. Ce que je trouve agaçant, et bêta (

), puisque sur ce point le français est plus précis.