Pfou...
Littré dit : [prεñã], comme prégnation.
Robert dit : [prεgnã]
Lexis dit : [prεñã]
Le Jouette (dico Robert d'orthographe) dit : [prεgnã]
Un point partout, la balle au centre
TLF dit : [ñã] selon Barbeau-Rhode 1930 mais [gnã] ultérieurement, et renvoie à G. STRAKA ds Trav. Ling. Litt. Strasbourg t.19 no 1 1981, p.223, à propos de la substitution de [gn] à [ñ] dans les emprunts récents au latin.
(Straka est un individu passionant, mais j'ai la flemme d'aller vérifier).
Pour ma part, je considère que :
1. Le mot est un emprunt au latin. Or la séquence "gn" du latin donne régulièrement une prononciation [ñ], même dans les emprunts récents (significare -> signifier). La prononciation [gn] est plutôt réservée aux mots grecs (agnostiques, diagnostiquer). Certes, il y a "stagner", mais lui aussi s'est d'abord prononcé [ñ], voyez l'article du TLF.
2. Le mot n'a rien de récent en français : au moyen-âge, c'est un mot savant, certes, mais usuel, pour dire "enceinte". Il est très courant en français classique dans son sens actuel, et le français classsique avait horreur des suites de consonnes (prononçant "ours" [ur] et les "exercice" [ezεrsis]).
3. A côté de "prégnant", il y a "prégnation" qu'il est difficile de prononcer autrement que [ñ]. Donc, soyons logique.
4. Pour tout dire, [gn] me semble un pédantisme (le mot lui-même est pédant, la preuve étant que je l'emploie douze fois par jour). La vieille prononciation, celle que Littré, pourtant cuistre comme il n'est pas permis, indique sans autre variante, est [ñ].
5. Il est bon de toute faire pour éviter les exceptions : "gn" en français se prononce [ñ].
Mig' 
