En difficulté, intuitivement aussi.
Intuition à laquelle j'ajoute quelques raisonnements de linguiste (mais si la les langues étaient raisonnables et rationnelles, ça se saurait

).
"En" se différencie de "dans" en français actuel en ce que, globalement, "dans" peut introduire une réalité physique (dans la cathédrale) tandis que "en" introduit toujours un concept (dans le wagon, mais en première classe, se marier en la cathédrale Notre-Dame, etc). Or un concept, un abstrait, etc. (cf. Grevisse cité par Bébert) est toujours singulier en français (le bien : concept ou réalité matérielle, les biens : toujours réalités, en grec ancien et en latin c'est le contraire).
Par ailleurs, je ne connais pas d'expression formée sur "en + substantif pluriel" (il y a au moins un qualifiant entre les deux "en plusieurs occasions" "en plusieurs fois").
Dans la mesure, enfin, où historiquement "en" était toujours + singulier autrefois (puisque le pluriel étaient "ès", ès lettres, ès qualités...), même si "ès" n'existe plus depuis trois siècle environ, il me semble que la préposition "en" a toujours une "préférence" pour le singulier.
