Selon moi, cela ne fait aucune différence dans un cas tel que celui-ci où la forme gentillement n'est pas utilisée aujourd'hui "pour faire bien" càd comme un archaisme, mais ressentie comme une faute d'orthographe. Flaubert ne lui donne pas des lettres de noblesse mais le fait qu'il l'ait utilisé prouve soit qu'il s'était permis un archaisme (si le mot était déjà depuis longtemps enterré comme l'indique l'information du TLF sur la marque (vx) dès 1694... . ) soit qu'il était encore un peu utilisé à son époque(?!?!) soit qu'il a fait une faute (la citation provient de sa correspondance, et il avait alors 21 ans...), soit que c'est son imprimeur qui l'a faite...
Ce n'est pas parce qu'un mot existait et qu'il a été utilisé autrefois que nous pouvons l'adopter. Sinon je pourrais décider d'écrire je faisois et
impuniment ou
impunéement justement aussi
Étymol. et Hist. 1. 1553 impuniment « sans encourir, subir de punition » (RONSARD, 5e livre des Odes, Elégie à M. Muret, éd. P. Laumonier, t. 5, p. 230, 101); 1554 impunément (LE CARON, La Claire, 95B, d'apr. H. VAGANAY ds Rom. Forsch. t. 32, p. 82); 2. 1699 « sans inconvénient, sans risque » (FÉNELON, Télémaque, I, éd. A. Cahen, t. 1, p. 8). Pour *impuniement (dér. de impuni, -ie*; suff. -ment2*) devenu impuniment, puis impunéement (cf. 1588, Triomphes de Marie, 326 ro, d'apr. H. VAGANAY ds Rom. Forsch., t. 45, p. 143), impunément, plus prob. p. anal. avec les adv. où -ément est mis pour -éement (type assurément*; v. NYROP t. 3, § 608) que d'apr. la prononc. scol. [impuné] de l'adv. lat. impune « impunément » (FEW t. 4, p. 611a).
POur ce qui concerne l'info Ac + date non ça ne veut pas dire de date A à date B mais ça veut dire qu'on le trouverait dans la 1ère édition (1694) et dans la 8ème (1932) du Dictionnaire de l'Académie Française.
J'ai fait une recherche sur le site des dictionnaires d'autrefois sur la forme gentillement et il ne me la trouve dans aucune de ces deux éditions. La dernière attestation est celle de Nicot (1606)
J'ai fait aussi une recherche de la forme dans Frantext et elle n'apparait pas dans leur base de données, qui contient pourtant la plupart de notre littérature classique...